Protopaja-osahankkeen toiminta-ajatuksena on auttaa kohderyhmän yritysten ideoiden ja innovaatioiden kehittämistä ja kaupallistamista tarjoamalla protopajatoimintaa ja asiantuntijapalveluja idean kehittämiseen ja kaupallistamiseen.

Projektin tavoitteena on lisäksi aktivoida kehityskykyisiä yrityksiä kasvuun ja kansainvälisyyteen ja tehostaa julkisten ja yksityisten innovaatiopalvelujen käyttöä ja edistää luovien innovaatioympäristöjen syntymistä, joiden tunnusmerkkejä ovat toimiva yhteistyö ja jatkuva kehitysdynamiikka.
Protopaja toimii jo olemassa olevien ja aloittavien yritysten tuotekehityksen ja sopimusvalmistuksen kehityspaikkana sekä työelämän monipuolisten kehityspalvelujen tuottajana.